Titre du chapitre - Raymond Rodriguez SVTperso

SVT - Seconde Chapitre 2.2 - TP n° 2 | |
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|Relation fonction-structure dans la molécule d'ADN |
|RR - Lycée Jaufré Rudel - Blaye | |Objectif de connaissance. Montrer en quoi la structure de la molécule d'ADN|
|lui permet d'être le support de l'information génétique. |
|Matériel disponible. Logiciel de modélisation moléculaire (RasTop) et deux |
|molécules d'ADN. |
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|Activité |Capacités - Exigences - Conseils de|Auto |
| |méthode |évaluation |
|Déterminer la forme, la structure et l'organisation d'une molécule d'ADN. |
| |
|Imprimer l'image issue de votre traitement informatique, la légender |
|et la commenter (une demie page). |
Matériel
[pic]
? Polycopiés
1 fiche élève par élève
12 fiches poste (Mode d'emploi Rastop) ? Pour la classe (2 groupes de TP)
Vérifier la connexion de l'imprimante jet d'encre couleur sur tous les
postes.
Portable + Vidéoprojecteur : même affichage que les élèves. ? Par poste (6 postes identiques)
2 fiches poste (sous pochette plastique)
1 ordinateur, logiciel RasTop ouvert, afficher deux molécules adn.pdb
(dossier tpadnarn) et adn2.pdb Commentaires
[pic]
- TP un peu difficile pour certains élèves, leur apporter beaucoup
d'explications.
- Sur le mode d'emploi les cellules « Ce que vous cherchez à faire »
grisées correspondent à ce que les élèves les plus lents doivent
utiliser.
Fiche poste
Extrait du mode d'emploi du logiciel RasTop
RasTop est un logiciel de visualisation graphique de molécules biologiques.
Ce mode d'emploi n'est pas une liste d'opérations à réaliser dans l'ordre
et obligatoirement. C'est simplement un outil qui vous aide à réaliser ce
que vous avez par avance décidé de faire.
Les cases grisées se rapportent au travail minimum attendu. |Ce que vous |Utilisation de RasTop |
|cherchez à | |
|faire | |
|Connaître les | |
|molécules |En début de séance ces molécules sont normalement déjà |
|disponibles |affichées : |
|pour ce TP |- adn.pdb : molécule d'acide désoxyribonucléique |
| |- adn2.pdb : une autre molécule d'acide désoxyribonucléique|
|En cas de | |
|problème |Pour réorganiser les fenêtres d'affichage cliquer sur [pic]|
|appeler le |. |
|professeur | |
|Observer | |
|une molécule |Clic gauche : rotation de la molécule (glisser). |
|sous des angles|Clic droit : translation de la molécule (glisser). |
|différents |Maj + clic gauche : zoom avant ou arrière (glisser). |
| |Maj + clic droit : rotation de la molécule dans le plan |
| |(glisser). |
|Différentes | |
|représentations|Les icônes [pic] permettent de choisir le mode de |
| |représentation de la molécule active. Quand une molécule |
|d'une même |est complexe vous avez intérêt à choisir une représentation|
|molécule |simple. ATTENTION. Une modification de représentation ne |
| |s'applique qu'à la zone sélectionnée d'une molécule. |
|Sélectionner | |
|tout ou partie |Quand on ouvre une molécule elle est entièrement |
|de la molécule |sélectionnée. |
| |L'icône [pic] permet de vérifier les zones sélectionnées. |
| |La zone sélectionnée est colorée en orange, la zone non |
| |sélectionnée apparaît en bleu. |
| |Les icônes [pic]permettent de modifier globalement la |
| |sélection. |
| |Les icônes [pic] permettent de ne sélectionner qu'une |
| |partie de la molécule. Après en avoir activé une Cliquer |
| |sur la zone à sélectionner puis changer la représentation |
| |et/ou Colorer. |
|Déterminer le |On appelle nucléotide une sous unité de la molécule d'ADN. |
|nom d'un |Placer le pointeur (croix) à l'endroit souhaité et lire le |
|nucléotide |nom du nucléotide dans la case Res (résidu). Le nombre |
| |correspond au numéro d'ordre (= la place) du nucléotide. |
| |Légende : A = adénine, T = thymine, C = cytosine, G = |
| |guanine |
|Colorer la |Dans le menu Atomes choisir Colorer par (Shapely |
|zone |(nucléotide), Chain (Chaîne) ...). |
|sélectionnée | |
|Afficher les |Dans le menu Liaisons choisir Liaisons hydrogène / |
|liaisons de |Afficher. |
|faible énergie |Les liaisons hydrogène relient deux atomes mais sont plus |
| |fragiles (faible énergie) que les liaisons covalentes. |
|Afficher la | |
|séquence |Dans le menu Molécule choisir Séquence. |
|des nucléotides|Les nucléotides s'affichent dans le même ordre que dans la |
| |molécule (attention au sens de lecture, appeler |
|de la molécule |éventuellement le professeur). |
| | |
|Pour localiser |1. Dans le menu Editer choisir Commande. |
|un |2. Taper en minuscules select [espace] [nom du nucléotide |
|ou plusieurs |en une lettre] suivi sans espace du [numéro d'ordre du |
|nucléotides |nucléotide] puis [entrée]. On peut simplement taper un nom |
| |de nucléotide ou un numéro. On peut désigner plusieurs |
|Voir aussi : |nucléotides (virgules sans espace). La commande restrict |
|Sélectionner |fonctionne de le même manière mais n'affiche que les |
|tout ou partie |nucléotides désignés. |
|de la molécule |3. Changer le mode de représentation, cliquer par exemple |
| |sur l'icône [pic] (Sphères). |
| |4. Le(s) nucléotides (s) sélectionné(s) change(nt) de |
| |représentation. |
|Pour imprimer | |
|la molécule |Agrandir au maximum la fenêtre de la molécule à imprimer. |
|active |Grâce à l'icône [pic] ouvrir la fenêtre Colorer puis |
| |choisir Fond / Blanc. |
| |Appeler le professeur pour obtenir son accord avant |
| |d'imprimer. |
| | |
| |ATTENTION. Une impression en fond noir est une erreur de |
| |manipulation. | Ce mode d'emploi est volontairement très simplifié. Vous pouvez fouiller
dans les menus.
En cas de problème appeler le professeur. |SVT - Seconde |
|Chapitre 2.2 - TP n° 2 |
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