2nde, TP de chimie :

Dessiner des molécules avec le logiciel « Chemsketch »
Le logiciel ACD/Chemsketch est un gratuiciel disponible en téléchargement à
l'adresse http://www.acdlabs.com/download/.
La langue utilisée dans les menus du logiciel est l'anglais. Afin de pouvoir le télécharger, il est simplement demandé un mail et des
coordonnées, mais le logiciel est gratuit. Lancer le logiciel préalablement installé. I- La prise en main Le premier réglage à faire est de faire afficher tous les atomes de carbone
par le logiciel. En effet, ces derniers ne sont pas toujours écrits afin
d'alléger les écritures : - « Tools » « Structure properties » et dans « Show carbon » cocher
« All » et faire « Set default » Des molécules simples : Par défaut, quand on sélectionne un atome (C, H, N, O ...) dans la partie
gauche de l'écran, le logiciel forme des liaisons entre cet atome et des
atomes d'hydrogène.
> Sélectionnez le carbone dans la partie de gauche (voir ci-contre),
puis cliquez quelque part sur l'écran. Le logiciel donne la formule
bute de la molécule constituée d'un atome de carbone et relié
uniquement à des atomes d'hydrogène.
> Faire de même avec l'hydrogène, l'azote (N), l'oxygène, le phosphore,
le soufre, le chlore, le brome. Vous devriez obtenir les formules
butes ci-contre. Pour pouvoir déplacer une formule brute, il faut cliquer sur l'icône
« select/move » (voir ci-contre).
> Déplacer vos formules brutes sur l'écran. Pour effacer une molécule, soit vous la sélectionnez comme précédemment
puis soit vous cliquez sur la touche « supprime » du clavier soit vous
utiliser l'icône de gomme. > Effacer une ou deux molécules. II- Faire des formules semi-développés de molécules Par défaut, quand on sélectionne un atome dans la partie gauche de l'écran,
le logiciel forme des liaisons entre cet atome et des atomes d'hydrogène.
Si on sélectionne le carbone, le logiciel fait « CH4 ». Comment dans ce cas
faire « CH3Cl » ? > Réaliser tout d'abord la molécule CH4 comme précédemment.
> Puis, sélectionnez le chlore dans la barre d'outils des atomes.
> Lorsqu'on survole la formule CH4 avec la souris, elle change d'aspect
et s'entoure d'un cadre.
> En cliquant puis en glissant la souris au dessus de la molécule, elle
forme la molécule CH3Cl.
> Réaliser la molécule CCl4 en répétant ces opérations sur la même
molécule.
> L'outil « Tools » « Clean structure » permet ensuite de redresser la
molécule. Afin de respecter un peu mieux les répulsions entre les
doublets électroniques.
> Deux icones : « Select bond horizontally » et « Select bond
vertically » permettent de faire tourner la molécule. De même l'icône
« Select/resize/rotate »
Faire les 3 molécules ci-contre : > Pour faire des doubles liaisons, il suffit de cliquer sur une simple
liaison, elle deviendra double et les atomes d'hydrogène en trop
seront éliminés. Réalisez alors les molécules ci-contre. III- Faire des formule en 3D > Réaliser tout d'abord la molécule CH4 comme précédemment.
> Puis faire « 3D structure optimization » : la molécule est optimisée
pour la visualisation en 3D
> On peut ensuite faire « ACD/Labs » « 3D viewer » pour lancer la
partie 3D
> Il suffira ensuite de coller cette molécule dans la fenêtre 3D avec
« copy to 3D » situé en bas de la fenêtre.
> Plusieurs icônes sont ensuite disponibles :
« Balls ans sticks » qui permet de faire apparaître les liaisons et
les atomes.
« Autrotate » qui permet de faire tourner la molécule toute seule
dans l'espace.
> Réalisez en 3D les molécules précédentes.
Essayer de réaliser en 3D :
Le propan-1-ol 5-
méthylhex-2-ène
L'aspirine : Butyrine
L'oléïne présente dans l'huile d'olive :
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